运行系统的选择和安装

选择Ubuntu

  1. 因为需要使用AFNI，没有太多的选择，centos或Ubuntu
  2. 首先使用了centos，据说稳定，实测很快就崩了，也可能是不熟悉。最后还是老实地安装了Ubuntu18.04

安装桌面环境

安装时基本上点点点就可以，唯一是在最后几步，有一个是源，可以直接输入清华的Ubuntu18.04源。这样 一是避免后面再修改麻烦，二是后面安装步骤涉及下载，清华的快很多。 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/

最后询问是否安装openssh，按enter确定。注意按了enter，确认框里显示的是个X，文化差异啊，我一直以为这是没有选择的意思，其实就是选择上了。

1.了解Xserver

  1. Linux图形界面多数基于 X。
  2. X windows，笼统的称为X（目前为11版，简称X11），是一种位图显示的视窗系统，是建立图形用户界面的标准工具包和协议。X 是协议，不是具体的应用程序。
  3. X 为GUI环境提供了基本的框架：在屏幕上绘图、移动视窗以及与鼠标键盘的互动；是Gnome等桌面环境的显示基础。
  4. X通过server/client架构来实现工作的。

2.安装desktop

  1. 桌面环境和X的区别在于，前者是一种软件，不仅仅包括显示功能，还提供其他实用程序（如office）。
  2. Ubuntu server已经默认安装此协议，但是并没有安装桌面环境。
  3. Xfce Desktop （轻量化）is a good choice sudo apt install xfce4 slim sudo service slim start

注意sudo apt-get install xfce4和sudo apt-get install xubuntu-desktop都可以安装xfce桌面，但是后者的附件更多。

3.安装显示管理器或登录管理器（display manager，dm）

  1. 显示管理器或登录管理器是一个在启动最后显示的图形界面,即登录界面(显示管理器),是进到桌面环境之前的用户登录界面。
  2. 最好选择轻量级的管理器，如slim，xdm或lightdm。不要选GDM3, as it is simply an overkill.
  3. Switch between LightDM and GDM in Ubuntu sudo dpkg-reconfigure gdm3
  4. 安装教程

4. FAQ

  1. 重启可能会进到字符界面下，如果使用startx进不了桌面，就使用st artxfce4.
  2. 重启DM sudo service gdm3 start

Matlab的安装

必须安装的toolbox

Matlab的工具包有很多，全部购买超级贵也不现实，而且全部安装会占据大量的空间。 事实上我们只需要很少的几个工具包即可。

  1. MATLAB (SPM/EEGLAB只需要这个工具包即可)（必须）
  2. 并行计算需要：Parallel computing toolbox（必须）与Matlab distributed computing server（可选，但配置复杂）
  3. 统计和机器学习：Statistics and Machine Learning Toolbox（建议）
  4. EEGLAB依赖工具包（EEGLAB本身不需要额外工具包，但是很多插件需要）：
    1. Signal processing toolbox
    2. Statistics toolbox: this toolbox is required by some EEGLAB extensions (such as Fieldtrip and SIFT). This toolbox also contains a large number of functions useful for the advanced programmer to compute statistics and cross-validation.
    3. Optimization toolbox: another recommended toolbox used by some EEGLAB extensions. This toolbox contains the powerful fminsearch function and derivative. Although Matlab now has this function by default in its core distribution, the optimization toolbox allows to perform finer tuning of its parameters.
    4. Image processing toolbox: this toolbox is required by some EEGLAB extensions (such as Fieldtrip).
    5. Wavelet toolbox. 使用Letswave进行时频分析(CWT方法)需要用到这一工具包.
    6. MATLAB curve fit tool 用于模型拟合

注意事项

  1. 安装教程
  2. 可能由于服务器没有购买显卡，服务器上无法以GUI的形式运行matlab。但是远程连接之后可以正常使用。
  3. bug1保存文件时崩溃
  4. bug2Matlab编译环境和Ubuntu编译环境不匹配
  5. 由于没有权限无法保存pathdef.m。解决方法，先加载需要setpath的工具包， 然后把pathdef.m文件先保存到有写入权限的文件夹下，然后复制覆盖原文件（sudo cp ）。 原文件路径：/usr/local/MATLAB/R*/toolbox/local
  6. 在Matlab中点击Home（中文版主页），在右上角找到 Preferences（中文版的是预设） 然后在弹出的对话框的左侧栏选择Help，然后在右侧选择 Installed Locally（中文版安装本地）。

Matlab编程入门

  1. 左西年老师推荐matlab入门资料

远程桌面和用户配置

远程桌面

方法一 SSH （最佳）

  1. 远程服务器安装SSH-server（Ubuntu18.04默认已经安装，跳过）。但是如果想通过远程服务器访问另外一台服务器，需要使用openssh-client（Ubuntu默认也已经安装）
  2. SSH还可以通过设置密钥的方式让数据传输过程更加安全，但是因为实验室服务器只在内网运行，没有额外设置（跳过）。教程
  3. 本地电脑下载并安装MobaXterm，新建ssh session，输入远程电脑IP和用户名，OK（用户只需要进行这一项操作即可）
  4. 连接之后出现终端界面，可以使用cd命令切换路径，matlab命令打开matlab。
  5. MobaXterm不仅可以实现远程访问，也自带数据传输功能。

SSH无法连接

先卸载，再重新安装一次

sudo apt-get purge openssh-server sudo apt-get install openssh-server

https://phoenixnap.com/kb/how-to-enable-ssh-on-ubuntu

方法二 XRDP （远程访问）+ Winsp （数据传输）

  1. 配置XRDP通过XDRP实现Windows远程访问
  2. 注意，如果选择安装第三方桌面，例如xubuntu-desktop（xfce4），还需要安装xfce4对应的terminal。否则进入桌面无法运行终端。
  3. 该方法虽然支持多人连接，但是人数多了之后就会变卡！Not a good choice.
  4. 单纯的XRDP可以访问服务器，但是无法传输数据，需要下载winsp来实现数据的交换。

用户配置

  1. 新增用户并设置权限，并给予新用户读写其对应数据文件夹的权限（chmod -R +777 DIR）。 2.

References

  1. https://support.qiniu.com/tickets/145405
  2. https://xyinzhe.com/2018/06/qnxz.html
  3. Xserver介绍，非常全面。https://www.cnblogs.com/itech/archive/2010/02/23/1672137.html
  4. X的启动和关闭，https://www.jianshu.com/p/36dcf5185f01
  5. 调整X的色彩，http://blog.sina.com.cn/s/blog_4430c4a80102wrxg.html