FSL

  1. https://github.com/poldrack/fmri-analysis-vm/tree/master/analysis/postFMRIPREPmodelling
  2. https://github.com/poldracklab/fitlins
  3. https://mumfordbrainstats.tumblr.com/post/166054797696/feat-registration-workaround
  4. an example Nipype workflow for post-fMRIPrep first- and second-level models in FSL

Nipype

  1. Nipype org
  2. Nipype manual
  3. NiBabel nii数据读取

Install

  1. 安装Neurodebian。注意密钥按照官网教程无法安装，使用下列命令可以： sudo apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv 2649A5A9
  2. 安装conda
  3. conda install nipype
  4. 如果遇到permission error，sudo chmod -R 777

1st

  1. 视频教程

https://youtu.be/Nkt6hsY-T0s https://youtu.be/GncNH7l6OOQ

  1. codes

  2. Adding additional regressors to SPM modelgen with nipype
  3. Nipype: SPM realignment multiple sessions

SPM BIDS APP 测试

之前的aa工具包已经过时了。aa工具包的参数配置没有一个很好的说明文档，配置起来很头疼。 aa的优点就是分离了配置参数和运行命令，而如今基于BIDS的SPM BIDS App也实现了这种功能。 两者的差别在于，aa使用了xml语言来配置参数文件，而SPM BIDS App用的是matlab语言。 相比之下，matlab语言可比xml简单多了。 类似于fmriprep，SPM BIDS App的运行也分为以下几步

  1. 如果没有安装，docker pull bids/SPM
  2. usage: run {participant|group} [--participant_label ] [--freesurfer_license ] [--connection ] [ ]
  3. docker run -ti –rm
    -v /tmp:/tmp
    -v /var/tmp:/var/tmp
    -v /path/to/local/bids/input/dataset/:/data
    -v /path/to/local/output/:/output
    -v /path/to/local/cfg/:/cfg
    bids/spm
    /data /output participant
    –participant_label 01
    –config /cfg/my_pipeline_1st.m
  4. 命令详解： -t: 为容器重新分配一个伪输入终端，通常与 -i 同时使用（默认）； -i: 以交互模式运行容器，通常与 -t 同时使用（默认）； –rm自动移除已经存在的容器（断开联系而非删除容器本身）（默认）； –volume/-v The -v flag mounts the current working directory into the container（需要修改）.
  5. BIDS Tools in SPM

SPM BIDS APP 测试感受 (baybay6)

  1. The biggest problem is that SPM is not supported of compressed NIfTI files (.nii.gz), thus as well as SPM BIDS APP.
  2. spm_select函数不支持导入nii.gz格式的4D数据，只支持nii格式；
  3. Convert nii.gz to nii
    1. gunzip('*.gz')
    2. if you encounter a problem “could not open file”, try sudo chmod -R 777 /data/fMRI/fmriprep

References

  1. https://neurostars.org/t/performing-a-basic-two-sample-t-test-in-spm-using-nipype-interfaces-spm/493
  2. python script to load confounds