Preparision
- toobox:Anaconda2 and pyClusterROI
- http://ccraddock.github.io/cluster_roi/usage.html
- https://github.com/ccraddock/cluster_roi
- First, you need to download the toolbox (see references)
- Second, ensure that you have installed the pre-requisites: NumPy,SciPy and NiBabel(只有nibabel需要额外安装,其他已经装好). Note: 务必在Anaconda prompt进行安装
Processing pipeline (demo)
- 第一步,功能像(rest or task state fmri data)数据预处理;
- 第二步,制作一个Gray matter mask,限制功能连接的空间范围;
- 第三步,利用数据在个体水平上构建相似矩阵(individual level similarity)。这个矩阵是一个Nvoxel x Nvoxel 的矩阵,矩阵的每个元素(entry)表示体素间的相似性。有三种方法可选: 1. Tcorr,对应make_local_connectivity_tcorr 此函数有bug,line190,sparse_w=append(sparse_w,R[nzndx],1)应修改为 sparse_w=append(sparse_w,R[nzndx],0) 2. Scorr,对应make_local_connectivity_scorr 3. 仅仅使用mask来制作,相邻的体素其相似性赋值为1,否则为0,对应函数为:make_local_connectivity_ones
- 第四步,聚类(clustering)。pyClusterROI提供了两种方法来整合不同被试的信息以实现组水平聚类。 1. The group-mean clustering approach. 不需要个体水平聚类,只需要group_mean_binfile_parcellation函数; 2. The two-level approach. 先在个体水平上聚类(individual level clustering),再在组水平聚类。需 binfile_parcellation import和group_binfile_parcellation函数。
- 第五步,将生成的npy格式文件转换为nii格式文件。有两个函数可以使用:
1. make_image_from_bin_renum,有bug,不要用
2. make_image_from_bin,ok
from make_image_from_bin_renum import * # write out for group mean clustering for k in NUM_CLUSTERS: binfile='rm_group_mean_tcorr_cluster_'+str(k)+'.npy' imgfile='rm_group_mean_tcorr_cluster_'+str(k)+'.nii.gz' make_image_from_bin(imgfile,binfile,maskname)
- 第六步,给生成模板的每个ROI一个lable。即利用前人的模板,给分割的ROI命名。 注意这一步是通过在shell中调用函数 parcel_naming.py来进行的。
python parcel_naming.py tcorr05_2level_all.nii.gz \ tcorr05_2level '50,100,150,200'
adjust demo
分为三步
- 第一,获取指定文件夹下的文件名,参考 :http://blog.csdn.net/lsq2902101015/article/details/51305825
- 第二,利用enumerate函数在for循环中计数。
- enumerate多用于在for循环中得到计数(index=文件序号)和值(item=文件名)
- enumerate(list1)返回两个参数,第一个是序号,第二个是文件名
test = ["this", "a", "test"] # def a var for index, item in enumerate(list1): # 对于从enumerate函数返回的两个参数进行遍历 print index, item # 按照index, item的顺序显示两个参数
- 第三,得到每个被试预处理fmri文件的信息:路径+文件名 该思路实施不便,因为函数make_local_connectivity_tcorr( infile, maskfile, outfile, thresh ),其输入infile定义为文件名,不包含路径信息。
- 第四,将所有被试的预处理文件重命名后整理到一个文件夹下。只遍历文件名信息。
参考文献:A whole brain fMRI atlas generated via spatially constrained spectral clustering